В сфере здравоохранения льготный режим введен для компаний, осуществляющих «деятельность в области здравоохранения» (код ОКВЭД 86) и производящих «лекарственные средства и материалы, применяемые в медицинских целях» (код ОКВЭД 21). Согласно Налоговому кодексу, российские компании в нормальных условиях оплачивают 22% от зарплаты сотрудников в Пенсионный фонд (ПФР), 2,9% – в Фонд социального страхования (ФСС) и 5,1% – в ФФОМС.
Страховые взносы – основной источник дохода ФФОМС. В 2021 году по этой статье поступило 2,3 трлн рублей, или 88% от всех доходов фонда. Взносы работодателей в общей доле составили 1,5 трлн рублей. Другую значимую часть доходов ФФОМС – взносы за неработающее население (783 млрд рублей в 2021 году) – регионы в условиях дефицита бюджетов предлагают компенсировать за счет федерального бюджета. Идею поддержал глава Счетной палаты РФ Алексей Кудрин, но добавил, что переход на новую модель финансирования должен быть поэтапным.
В конце апреля 2022 года президент Владимир Путин поручил Минфину выделить из федбюджета Федеральному фонду ОМС средства на компенсацию выпадающих доходов. Вместе с ФСС и ПФР у ФФОМС, по выражению президента, «должно быть достаточно средств, чтобы обеспечить уверенную работу систем здравоохранения и социального обеспечения». Объем господдержки, введенной, в том числе на фоне резко возросших расходов регионов на закупку лекарств и медизделий за счет ОМС, пока не определен.
В 2020 году, несмотря на многочисленные обращения профсообществ, медорганизации (кроме стоматологических клиник) не попали в список отраслей российской экономики, в наибольшей степени пострадавших из-за распространения COVID-19. Таким организациям были положены отсрочки по уплате налогов и иная господдержка. В марте 2022 года участники НАНМО направили в Правительство РФ предложения по поддержке отрасли здравоохранения, в том числе предложив сократить ставку по налогам и взносам для клиник.